Finalmente mejoró ostensiblemente el rendimiento en las últimas jornadas llegándose a alcanzar la permanencia matemática una jornada antes de que finalizara el campeonato. Tras la renuncia del presidente Osvaldo Domínguez Dibb, a partir del 2004, el club sufriría una debacle importante terminando último lugar en la tabla de posiciones en el campeonato del 2004, lo que se repitió en el Torneo Apertura 2005. Pero, repuntaría notoriamente en el Clausura 2005 logrando el tercer puesto, a solo 5 puntos del campeón, camisetas futbol 2023 y habiendo tenido posibilidades de dar la vuelta en las últimas fechas.