Entre 2002 y 2004 el club contó con un tercer filial, el Valencia Club de Fútbol C, que desapareció al bajar el Mestalla a Tercera División en 2004, uniforme de estados unidos 2022 arrastrando al «C» a Preferente. El 21 de septiembre de 1990 cambió su denominación de CD Mestalla por el de Valencia CF B por una decisión de la UEFA en la que los clubes filiales con distinto nombre al de su sociedad tenían que llevar el nombre del propio club.